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把你的shiny網(wǎng)頁(yè)工具部署在云服務(wù)器

分類(lèi)：云服務(wù)資訊 編輯：互聯(lián)網(wǎng)觀察 瀏覽量：625
2020-07-20 13:33:06
之前我在生信菜鳥(niǎo)團(tuán)已經(jīng)發(fā)布的：購(gòu)買(mǎi)入門(mén)級(jí)服務(wù)器免費(fèi)送Linux直播培訓(xùn)服務(wù) ，提到了可以每個(gè)月花幾塊錢(qián)購(gòu)置一款《1核2G服務(wù)器》標(biāo)準(zhǔn)品，既可以練習(xí)Linux命令，也可以打搭建一個(gè)博客：五分鐘搞定你的個(gè)人博客，還可以做圖床，或者隧道。然后浙大博士發(fā)掘了這個(gè)《1核2G服務(wù)器》的另外一個(gè)用途，分享給大家。以下是投稿緣由我們課題組有一份油菜的核心種質(zhì)資源，前幾年經(jīng)重測(cè)序之后已經(jīng)發(fā)表了。但是課題組后面很多的項(xiàng)目都基于這份核心種質(zhì)資源，實(shí)驗(yàn)室成員常常需要檢索分析某些基因的特定SNP，所以我在自學(xué)了一段時(shí)間的Shiny之后就嘗試著搭建了一個(gè)Shiny app并利用Shiny-server部署在課題組的服務(wù)器上，但是由于我開(kāi)發(fā)的這個(gè)Shiny app本來(lái)就打開(kāi)比較慢，加上很多時(shí)候服務(wù)器負(fù)荷運(yùn)行，導(dǎo)致Shiny app打開(kāi)速度就更慢了，有的時(shí)候甚至加載時(shí)間過(guò)長(zhǎng)直接打不開(kāi)。恰巧我緊跟生信技能樹(shù)推文更新，了解到可以搞個(gè)云服務(wù)器來(lái)部署Shiny應(yīng)用。購(gòu)買(mǎi)服務(wù)器一開(kāi)始@思考問(wèn)題的熊建議我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny應(yīng)用，看名字就知道這是RStudio專(zhuān)門(mén)開(kāi)發(fā)的用于部署Shiny應(yīng)用的一個(gè)服務(wù)器，有免費(fèi)版也有企業(yè)版的，對(duì)于我來(lái)說(shuō)免費(fèi)版的就足夠了，具體使用可以參考官方手冊(cè)，我這里不講，因?yàn)槲业膽?yīng)用無(wú)法部署上去，我使用到的一個(gè)包genetics顯示來(lái)源有問(wèn)題，不兼容。具體就是這個(gè)包我是從CRAN安裝的，但是利用rsconnect檢測(cè)的時(shí)候顯示genetics的來(lái)源是BioConductor，這就很尷尬了，Google發(fā)現(xiàn)很多用戶(hù)都遇到個(gè)類(lèi)似的問(wèn)題，有的解決辦法是從GitHub上安裝繞過(guò)了這個(gè)問(wèn)題，genetics好像不能通過(guò)GitHub安裝，所以沒(méi)辦法只能棄之，自己購(gòu)買(mǎi)一個(gè)云服務(wù)器進(jìn)行部署。服務(wù)器產(chǎn)商很多，國(guó)外的AWS我也嘗試注冊(cè)過(guò)，它提供為期一年的免費(fèi)試用，但是注冊(cè)激活的時(shí)候需要填信用卡信息，我沒(méi)有，只能放棄，轉(zhuǎn)向國(guó)內(nèi)的云服務(wù)器。國(guó)內(nèi)的服務(wù)器主要有阿里云aliyun、騰訊云Tencent Cloud以及華為云HUAWEI CLOUD等，生信技能樹(shù)也專(zhuān)門(mén)寫(xiě)了推文介紹，有需要的朋友關(guān)注生信技能樹(shù)看推文哈！我最后選了阿里云，先進(jìn)入阿里云,注冊(cè)登錄，然后學(xué)生認(rèn)證。我直接購(gòu)買(mǎi)了一年的學(xué)生套餐，瞄了一眼，發(fā)現(xiàn)還能領(lǐng)個(gè)20元的優(yōu)惠券：最后94元就買(mǎi)一年的最低配（1核2G，1M帶框，40G云盤(pán)）的服務(wù)器，我主要是用來(lái)部署服務(wù)器，所以容易足夠了。地域選擇的話(huà)我選了華東（杭州），我不記得在哪看了篇博客，里面測(cè)試發(fā)現(xiàn)不同區(qū)域之間差別不大，所以我也沒(méi)糾結(jié)，就選了所在城市地域。系統(tǒng)我就選了Ubuntu16.04 64位（好像只有這一個(gè)Ubuntu版本可選）購(gòu)買(mǎi)之后進(jìn)入控制臺(tái)，里面有云服務(wù)器的詳細(xì)信息，對(duì)我最有用的話(huà)就是有個(gè)公網(wǎng)IP了，這樣我的Shiny app全世界都能訪問(wèn)了！配置服務(wù)器有了云服務(wù)器就能各種折騰了，我已經(jīng)折騰過(guò)好幾臺(tái)服務(wù)器了，所以比較順利就安裝配置好了部署環(huán)境，新手的話(huà)參考生信技能樹(shù)的帖子：如果有一個(gè)新的服務(wù)器你會(huì)做什么？，基本能順利地走通。我這里就只講一下安裝Shiny-server，默認(rèn)你已經(jīng)安裝了R語(yǔ)言以及Shiny包：首先進(jìn)入官網(wǎng)下載，里面有詳細(xì)的安裝方法：sudo apt-get install gdebi-corewget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.debsudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb安裝好之后，會(huì)自動(dòng)創(chuàng)建shiny用戶(hù)。需要注意的是，你購(gòu)買(mǎi)的云服務(wù)器你進(jìn)去之后實(shí)際上是root用戶(hù)登錄的，我一開(kāi)始部署的時(shí)候由于安裝的包都是root用戶(hù)安裝的，所以就修改了配置問(wèn)題，用root用戶(hù)運(yùn)行Shiny-server，開(kāi)始的時(shí)候運(yùn)行正常，后面突然莫名其妙就運(yùn)行不了，所以我最后不得不將所有R包都刪了，然后以shiny用戶(hù)登錄。shiny用戶(hù)登錄好之后，我先進(jìn)行了一下設(shè)置，主要是R語(yǔ)言以及shiny-server設(shè)置：# vi .RprofileSys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")# vi .RenvironR_LIBS=/home/shiny/R_Library然后shiny-server配置文件如下：# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"preserve_logs true;sanitize_errors false;run_as shiny;# Define a server that listens on port 3838server { listen 3838; # Define a location at the base URL location / { # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory site_dir /srv/shiny-server; # Log all Shiny output to files in this directory log_dir /var/log/shiny-server; # When a user visits the base URL rather than a particular application, # an index of the applications available in this directory will be shown. directory_index on; }}然后就是安裝各種需要用到的R包了，這里不講，網(wǎng)上教程太多了，ubuntu學(xué)徒安裝R包失敗可以肯定的是遇到各種依賴(lài)缺失的問(wèn)題，這個(gè)時(shí)候就Google或者百度了，缺啥補(bǔ)啥！需要注意的是，由于我購(gòu)買(mǎi)的是最低配的服務(wù)器，所以有些需要編譯的R包有時(shí)候會(huì)由于內(nèi)存不足，編譯安裝失敗，這個(gè)時(shí)候我的建議是多安裝幾次，總會(huì)成功的！所有準(zhǔn)備環(huán)境準(zhǔn)備好了之后，就可以將Shiny app文件上傳到/srv/shiny-server目錄里面，可能需要修改目錄所屬權(quán)限：sudo chown -R shiny:shiny shiny-server剩下就差最后最后一步了，云服務(wù)器多了個(gè)安全組，需要進(jìn)入控制臺(tái)進(jìn)行設(shè)置：（左邊側(cè)欄）網(wǎng)絡(luò)與安全-安全組，進(jìn)入之后手動(dòng)添加開(kāi)通3838端口就行了。此時(shí)瀏覽器打開(kāi) http://公網(wǎng)ip:3838/app名 就可以看到自己部署的應(yīng)用了！我這次部署了兩個(gè)應(yīng)用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas ，目前運(yùn)行良好，打開(kāi)速度也還行！以上是我這次云服務(wù)器部署shiny app的經(jīng)驗(yàn)，由于一開(kāi)始沒(méi)打算記錄下來(lái)，現(xiàn)在信息大爆炸時(shí)代，技術(shù)分享實(shí)在太多了，但是@jimmy說(shuō)每個(gè)人的故事都不一樣，所以我就事后回憶記錄一下，如果能幫助到其他人就最好了！限于本人能力，里面肯定有很多不足的地方。文末友情推薦要想真正入門(mén)生物信息學(xué)建議務(wù)必購(gòu)買(mǎi)全套書(shū)籍，一點(diǎn)一滴攻克計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)知識(shí)，書(shū)單在：什么，生信入門(mén)全套書(shū)籍僅需160 。如果大家沒(méi)有時(shí)間自行慢慢摸索著學(xué)習(xí)，可以考慮我們生信技能樹(shù)官方舉辦的學(xué)習(xí)班：數(shù)據(jù)挖掘?qū)W習(xí)班第5期（線上直播3周，馬拉松式陪伴，帶你入門(mén)），原價(jià)4800的數(shù)據(jù)挖掘全套課程， 疫情期間半價(jià)即可搶購(gòu)。生信爆款入門(mén)-第7期（線上直播4周，馬拉松式陪伴，帶你入門(mén)），原價(jià)9600的生信入門(mén)全套課程，疫情期間3.3折即可搶購(gòu)。如果你課題涉及到轉(zhuǎn)錄組，歡迎添加一對(duì)一客服：詳見(jiàn)：你還在花三五萬(wàn)做一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組嗎？

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